На данный момент мне известно лишь два способа, каждый со своими недостатками.
Способ 1. С помощью какого-либо редактора реестра, заходите в ветку [HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Apps\Microsoft Application Installer] и меняете значение параметра «fAskDest» с «0» на «1». Перезагружаете КПК. Теперь, при установке программы через ActiveSync Вы увидите на КПК диалоговое окно для указания папки для установки.
Недостаток способа: В конец названия папки будет добавляться символ «.» (точка). На КПК это не столь важно (если не принимать во внимание эстетические соображения), однако на ПК такое название папки является некорректным. Через кард-ридер Вы не сможете удалить или переименовать эту папку в настольной Windows.
Способ 2. Воспользуйтесь программой CABinstal. Она позволяет установить программу из .CAB-файла в любую указанную Вами папку. Имеет удобное средство навигации по файловой системе с возможностью создавать папку.
Недостаток способа: Вам придется искать дистрибутивы программ в CAB-файлах или извлекать CAB-файлы после запуска EXE-версии инсталлятора с настольного ПК. При некоторой сноровке, Вы будете быстро делать это для 100% программ.